Вирусная нагрузка. Что это за показатель и как правильно его интерпретировать.
Современные возможности ПЦР диагностики COVID-19 в лаборатории ДИЛА позволяют ответить на несколько действительно важных вопросов:
ЕСТЬ или НЕТ вирусные частицы в исследуемом материале путем выявления РНК вируса;
определить вирусную нагрузку (ВН) – какое количество вирусов находится в 1 мл биоматериала (в соскобе со слизистых носо- и ротоглотки).
От показателя ВН (высокая, средняя, низкая) напрямую зависит заразность инфицированного человека для окружающих.
Интенсивнее всего вирус размножается за 1-3 дня до появления симптомов и в первые 5-7 дней после первых проявлений. В этот период количество вирусов в 1 мл выделений из носоглотки может составлять сотни тысяч и миллионы частиц, что соответствует среднему и высокому показателю вирусной нагрузки и делает пациента максимально заразным для окружающих. Затем количество вирусов, выделяемых человеком начинает снижаться. Обычно начиная с 7-10 дня от начала клинических проявлений человек перестает быть заразным, что соответствует снижению показателей вирусной нагрузки. В этот период вирусная РНК в анализе еще может выявляться (ПЦР позитивный с низким уровнем ВН), однако большинство исследований показывает, что после 10 дня клинических проявлений вирус теряет свою способность к репликации (размножению), а значит, и способность заражать других людей.
Как определяется ВН и что значит показатель Сt*
Для условного определения ВН используют показатель «пороговый цикл», обозначенный в результате анализа как Сt (Сycle threshold). Он показывает, какое количество циклов амплификации произошло до того момента, как количество РНК в образце увеличилось настолько, что стало доступным для того, чтоб прибор смог ее «увидеть». Иными словами, Сt –это и есть тот пороговый цикл, на котором обнаружен вирус. Соответственно, чем больше вирусных частичек в образце, тем быстрее их выявит тест-система. С каждым циклом количество копий удваивается, а ПЦР в реальном времени, как правило, происходит в течение 40 циклов. После каждого цикла оценивают наличие свечения (флюоресценции), исходящее от метки на определенных участках РНК возбудителя. Чем раньше и интенсивнее началось свечение (например, на Сt = 5), тем больше вирусов находится в биологическом материале. *Число Ct — условный показатель определения вирусной нагрузки
Если значение Ct низкое (5-15), это говорит о том, что вирусная нагрузка высокая и вирус SARS COV-2 передает свою генетическую информацию и размножается очень активно, образуя новые вирусные РНК в большом количестве и тем заразнее человек.
Если вирусных частичек мало, для их выявления нужно большее количество циклов. Чем выше значение порогового цикла (Ct=30-35-40), тем меньше вирусных частиц находится в образце.
Результат ПЦР отрицательный в том случае, если РНК вируса выявить не удается даже при самом высоком пороговом цикле чувствительности прибора – более 40 циклов амплификации (Сt больше 40: РНК SARS COV-2 не выявлена).
Результат
При наличии симптомов
При отсутствии симптомов
Сt 5-27. Высокая ВН
обратиться к врачу для оценки состояния в комплексе с осмотром и данными других исследований;
для оценки рисков тяжелого течения, особенно при наличии сопутствующих заболеваний, провести «Комплексное исследование факторов риска тяжелого течения COVID-19». Людина заражена COVID-19, високо заразна для оточуючих.
Людина заражена COVID-19, високо заразна для оточуючих.
Рекомендуется:
обратиться к врачу для наблюдения за состоянием (симптомы могут появиться позже);
повторить ПЦР тест через 10-14 дней;
для определения иммунного ответа сдать тест на Ig М или суммарные антитела через 7-10 дней, Ig G через 2-3 недели.
Сt 28-34. Средняя ВН
Человек болен COVID-19, есть риск заражения окружающих.
Рекомендуется:
обратиться к врачу для оценки состояния;
для оценки риска тяжелого течения, особенно при наличии сопутствующих заболеваний провести «Комплексное исследование факторов риска тяжелого течения COVID-19».
Человек заражен COVID-19, есть риск заражения окружающих.
Рекомендуется:
обратиться к врачу для наблюдения за состоянием (симптомы могут появиться позже);
повторить ПЦР тест через 10-14 дней;
для определения иммунного ответа провести тест на Ig М или суммарные антитела через 7-10 дней, Ig G через 2-3 недели.
Ct 35-40. Низкая ВН
Человек болен COVID-19, риск заражения окружающих сохраняется, но он вероятно низок. Возможно самое начало заболевания.
Рекомендуется:
• при ухудшении состояния (усиление лихорадки, одышки, кашля), проконсультироваться у врача для оценки состояния и провести ПЦР-тест мокроты или смывов с бронхов и «Комплексное исследование факторов риска тяжелого течения COVID-19».
Человек заражен COVID-19. Чаще всего это может быть в период выздоровления (выведения вируса).
Рекомендуется (если был контакт с больным COVID-19):
повторить ПЦР тест через 5-7 дней;
для определения иммунного ответа провести тест на Ig М или суммарные антитела через 7-10 дней, Ig G через 2-3 недели.
ПЦР отриц.
Риск заражения окружающих отсутствует.
Возможно:
человек инфицирован другим возбудителем ОРВИ;
вирус концентрируется не в носоглотке, а в тканях легких или кишечника;
повторное взятие мазка через короткий промежуток времени (день в день или через день) уменьшает количество биоматериала в образце и в свою очередь может приводить к отрицательным результатам.
Для уточнения диагноза рекомендуется:
для определения иммунного ответа провести тест на Ig М или суммарные антитела через 7-10 дней, Ig G через 2-3 недели;
провести тест для исключения других инфекций (Скрининг респираторных инфекций, ПЦР, 21 показатель, FTD (высокочувствительный);
при тяжелом состоянии нужно провести RT-ПЦР исследования на определение вируса с другим биоматериалом (мокрота, смывы из бронхов, кал).
Риск заражения окружающих отсутствует.
человек здоров или выздоровел. Тест на иммуноглобулины класса G поможет уточнить, переболели ли вы коронавирусной инфекцией раньше
Тест на імуноглобуліни класу G допоможе уточнити, чи перехворіли ви на коронавірусну інфекцію раніше.
При обнаружении любого из определяемых генов коронавируса результат теста является положительным, что означает присутствие вируса в организме.
Важно помнить, что клинические проявления заболевания могут отсутствовать при любом уровне вирусной нагрузки. При положительном результате ПЦР с высоким уровнем вирусной нагрузки и отсутствии симптомов заболевания (бессимптомном течении) вы высоко заразны для окружающих, поскольку из носоглотки выделяется много вирусов при дыхании, разговоре. Для контроля снижения заразности можно провести повторное ПЦР-тестирование с определением уровня вирусной нагрузки через 7-10 дней
Источник
В Роспотребнадзоре объяснили отрицательный ПЦР-тест при COVID-19
Вероятность обнаружить коронавирус при тестировании снижается на четвертый-пятый день болезни, поэтому иногда у пациента есть все симптомы COVID-19, но тест показывает отрицательный результат. Об этом, как передает «РИА Новости», заявила заместитель директора по клинико-аналитической работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, профессор Наталья Пшеничная.
«После четвертого-пятого дня болезни вероятность обнаружить вирус в носоглотке снижается, а респираторные симптомы могут быть в это время в самом разгаре. Если проводить тестирование в эти сроки, то можно получить отрицательный результат», — сказала она.
Накануне Пшеничная заявила, что поставить точный диагноз при болезни коронавирусной инфекцией можно только благодаря лабораторному тестированию. По словам инфекциониста, у COVID-19 нет ярко выраженных симптомов, благодаря которым можно сразу выявить болезнь.
По ее словам, человек может заподозрить, что он болен COVID-19, если наблюдает у себя такие респираторные симптомы, как кашель, насморк и повышение температуры, и если несколько дней назад контактировал с зараженным. Однако эти симптомы могут быть и у гриппа, и у ОРВИ.
В сентябре специалисты ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора разработали тест-систему, позволяющую обнаружить РНК COVID-19 в любых из биологических жидкостей. Этот тест позволяет выявить вирусные частицы не только в мазках со слизистой оболочки носо- и ротоглотки, но и в мокроте, бронхоальвеолярном лаваже, плазме крови, фекалиях, ректальных мазках и аутопсийном материале (получают при вскрытии тел умерших).
Источник
Пцр отрицательный ковид что это значит
Своевременная и качественная диагностика – один из ключевых факторов в борьбе с COVID-19: диагностика необходима и для оценки общей эпидемиологической ситуации, и в случае принятия решения по каждому конкретному пациенту. По данным сайта стопкоронавирус.рф на 12.05.2020 г. проведено более более 5,8 миллионов тестов на наличие нового коронавируса. Цифра огромная. Однако, насколько достоверны результаты? Появляется все больше историй о типичной картине COVID-19 при отрицательных анализах. Почему так может происходить?
Какие тест-системы сейчас используются, каковы их достоинства и недостатки, и почему некоторые регионы страны переходят на диагностику с помощью компьютерной томографии разберемся в этой статье . Все это важно знать фармацевтическим работникам, чтобы быть в курсе текущих событий и грамотно отвечать на вопросы, которые клиенты неизбежно задают и будут задавать людям в белых халатах.
Сначала поговорим о ПЦР-тестах, которые специфически выявляют РНК вируса в пробах.
Взятие пробы для ПЦР
Показано, что для выявления нового коронавируса подходят смывы из носоглотки – из ротоглотки вероятность ложноотрицательного анализа немного выше [ 1 ]. Один из важнейших аспектов – время взятия материала. Проведенные исследования показывают, что при взятии материала у больного в первый день проявления симптомов COVID-19 положительный диагноз поставят с вероятностью 94 %, а вот к 10-му дню это будет всего лишь 67 %! [ 2 ].
Существует четкая закономерность: чем позже от возникновения симптомов взят материал, тем меньше шансов обнаружить в нем вирусную РНК.
Есть и хорошие новости: в течение первой недели от возникновения симптомов носоглоточные смывы имеют порядок от 100 000 до 1 000 000 копий вирусной РНК в 1 мл, что делает их легко обнаруживаемыми даже не самыми чувствительными системами. Исследования также показали, что вирусная нагрузка в верхних дыхательных путях может быть одинаковой у людей с проявленной симптоматикой и при бессимптомном течении болезни [ 3 ].
Транспортировка и хранение проб для ПЦР
Хранить образцы рекомендуется при температуре 2-8°C не больше 72 часов (более длительное хранение требует заморозки на -70°С и ниже) [ 4 ]. Соответственно, при нарушении температурного режима вероятность ложноотрицательного результата также повышается. Из-за перегруженности лабораторий, можно предположить, что большая часть образцов не хранится перед анализом надлежащим образом.
Точность разных ПЦР-тест-систем
После попадания образцов в лабораторию правильность диагноза будет зависеть во многом от тест-системы, которую там используют. На сегодняшний день помимо двух тест-систем, разработанных еще в январе в ГНЦВБ «Вектор», зарегистрировано 8 ПЦР-тест систем [ 5 ]:
АмплиТест SARS-CoV-2; разработан ФГБУ «Центр стратегического планирования» (ЦСП) Минздрава РФ, Москва;
набор реагентов для выявления РНК коронавирусов SARS-CoV-2 и подобных SARS-CoV (ООО «ДНК-Технология-ТС», Москва);
набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 (ФГБУ «48 ЦНИИ» Минобороны России);
SBT-DX-SARS-CoV-2 (ООО «Система-БиоТех»);
набор ООО «МедипалТех» из Дубны (производителем указано ООО «Амплитек»).
Из них системы «Вектора» и «Вектор-Беста» (последняя через сеть лабораторий «Инвитро» [ 6 ]) используются для исследования проб от государственных медицинских организаций. Здесь хочется отметить, что система «Вектора» не содержит в своем составе внутреннего контрольного образца, который должен добавляться во все пробы для контроля правильности выделения РНК и реакции обратной транскрипции [ 7 ]. Отсутствие такого контроля может также потенциально приводить к некоторому количеству ложноотрицательных результатов. Хорошая новость заключается в том, что остальные зарегистрированные тест-системы имеют в своем составе внутренний контроль, а также, по-видимому, обладают более высокой чувствительностью, т.е. дают меньше ложноотрицательных результатов.
Что касается частных клиник, то компании «Хеликс» [ 8 ] и «Гемотест» [ 9 ] заявляют, что они используют систему ГНЦВБ «Вектор», в то время как CMD и «Ситилаб » используют более современные системы ЦНИИ Эпидемиологии и ДНК-технологии, соответственно [ 10 , 11 ].
Таким образом, в городах, где представлены сетевые лаборатории, есть возможность сдать анализ частным образом и надеяться на точность проведения процедуры. В первые дни появления симптоматики точность будет выше.
Экспресс-системы
Что касается экспресс-тест-систем, то есть опасения, что созданные в сжатые сроки «уникальные» тесты по своему качеству будут уступать системам, основанным на обычной ПЦР. Насколько надежны эти системы покажет время, однако уже сейчас количество ложноотрицательных результатов ПЦР в совокупности с длительностью ожидания результата привело к тому, что в клиниках страны диагноз стали ставить не на основе ПЦР-анализа, а на основе результатов компьютерной томографии (КТ).
КТ
Преимущество КТ-диагностики при наличии клинической картины – это скорость постановки диагноза и более высокая чувствительность по сравнению с реальностью ПЦР-диагностики: 97,2 % против 83,3 % согласно данным небольшого китайского исследования [ 12 ]. Начиная с 4-5 дня заболевания можно различить так называемый симптом «матового стекла», на стадии прогрессирования такие участки консолидируются, возникает симптом «булыжной мостовой», «обратного ореола», а в пиковая стадии – «белое легкое» [ 13 ]. Возникает закономерный вопрос: отличается ли картина пневмонии, вызванной именно новым коронавирусом, от заболеваний другой вирусной природы. Ответ – нет. Вирусные пневмонии, будь то аденовирус, грипп или другие респираторные вирусы, выглядят на КТ одинаково.
Однако в условиях пандемии, когда подавляющее большинство вирусных пневмоний имеют коронавирусную природу, использование КТ для диагностики становится более чем оправданным. В последней версии методических рекомендаций Минздрава по профилактике, диагностике и лечению COVID-19 указано, что «наличие клинических проявлений в сочетании с характерными изменениями в легких по данным КТ или обзорной рентгенографии органов грудной клетки вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза» является клинически подтвержденным случаем COVID-19 [ 14 ]. Отметим также, что объем поражения легких при РГ и КТ может не иметь прямой корреляции с клинической тяжестью заболевания.
ИФА (иммуноферментный анализ)
ПЦР-тест-системы, как и КТ-диагностика выявляет COVID-19 в острой фазе. Однако весьма актуальна и информация об уже переболевших, на основании которой можно судить об охвате населения заболеванием, а также о числе бессимптомных случаев. Ответы на эти, а также на многие другие вопросы, может дать тест-система на антитела. На сегодняшний день разработкой таких тест-систем помимо «Вектора» занимаются такие организации как «Вектор-Бест», «НПО «Диагностические системы», ФНКЦ ФХМ ФМБА России, «МБС-Технологии», а также «Генетико» и Институт молекулярной биологии РАН [5]. К сожалению, тест-системы на антитела требуют намного больших усилий и времени на разработку, чем ПЦР-системы, а их чувствительность и специфичность оставляет желать лучшего. Так, проведенное в США исследование доступных система на антитела показало, что лишь 3 из 14 систем дают надежные результаты (т.е. не более 1% ложноположительных результатов), но при этом их чувствительность не превышает 90% относительно положительных контрольных образцов [ 15 ]. Какова будет чувствительность и специфичность разрабатываемых российских систем – пока неизвестно.
Итак, самое разумное, что вы можете сказать клиентам:
Если у вас первые пять дней симптомов – вполне можно сдать пробы для ПЦР-диагностики в частных центрах, в идеале, заказав выезд специалистов на дом. Желательно тестироваться в тех лабораториях, которые используют системы с контрольными образцами, о чем мы писали выше.
Если тест дал отрицательный результат или прошло больше пяти дней от начала болезни, а симптомы сохраняются, то в этом случае можно сделать КТ, при этом соблюдать все меры предосторожности, ведь в очереди запросто могут оказаться люди с новой коронавирусной инфекцией.
Проводить ИФА при текущей низкой точности – едва ли имеет смысл.
Если у вас нет симптомов, но был контакт, то можно пройти ПЦР-диагностику, но лучше всего на 14 дней уйти на самоизоляцию и наблюдать за самочувствием.
Регистрируйся на нашем сайте и получай доступ ко в сем материалам о COVID-19 вспециальном разделе.
Отвечаем на вопросы в прямых эфирах Вконтакте: https://vk.com/pharmznanie
Обсудить последние новости со всеми коллегами России вы можете в чатах:
